深圳新哲书院在初中部和高中部都实现了横向选科以及主要科目上的纵向分层教学，让学生可以根据自身的兴趣特长以及自身对于课程的掌握水平需要来进行课程组合，实现“每个孩子一张课表”，真正做到因材施教。

深圳新哲书院课程设置包括中文、英语、数学、科学、人文科学、艺术与音乐、信息技术等，使学生既能达到美式中学课程的英语能力要求，又使学生的数学、科学、人文科学的学术能力强于其它国际学校的学生，同时，书院还开设了丰富的艺术、体育以及课外社团课程，持续激发学生的学习兴趣。

每一位加入基地的新生，都会在入学之初填写一份《规划背景信息表》，经升学规划老师、班主任综合分析后，与学生、家长共同拟定其个性化的成长计划：平时课程及成绩沟通、标化考试安排、学术活动建议、义工、社团推荐、比赛推荐、学生兴趣爱好及特长等。

在学校的成长过程中，每个学生都会匹配升学规划老师，学生和家长可以随时与老师保持沟通和互动。老师会从学生升学角度，结合自身资源、学校活动部、学生处、班主任及学生家庭本身资源，为每个学生提供个性化的考试和活动规划建议。